Oto rozwiązanie:
Zapisujemy sobie obecne ustawienia np w zmiennej o nazwie MY_JAVA_HOME
SET JAVA_HOME="C:\Program Files\Java\jdk1.6.0_18\jre"
Teraz można wykonać testy, np
mvn test
Po zakończeniu testów można przywrócić pierwotne ustawienia
SET JAVA_HOME=%MY_JAVA_HOME%